拳皇98是该系列最为经典和成功的一款游戏，它在游戏机制、角色设计、音乐以及游戏平衡性等方面都得到了极高的评价。而拳皇99则被很多玩家认为是该系列的转折点，因为它的质量在很多方面都没有达到玩家的期望

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首先在拳皇99开发期间，SNK的内部管理和财务状况就已经出现了一些问题，，据说给于拳皇99的开发时间非常短，只有六个月，这样的开发进度游戏质量不下降才怪。此外，当年SNK内部的管理体系和员工之间的协调也存在问题，一些员工在工作中出现了矛盾和分歧，进一步影响了游戏的开发进度和质量。拳皇99SNK本来就是在自身的管理和财务问题，双重困难的环境上开发的游戏。

说到游戏本身。拳皇99很平衡性做的非常差。为了换上新角色，SNK特地把而这些新角色的能力和特点与原有角色，做的非常大，导新角色在游戏中表现过于强大，而一些角色则过于弱小，平衡性的问题十分严重。此外，拳皇99中的某些角色招式的帧数和伤害值也存在一些问题，导致游戏中存在一些"刷招"和"无敌招"的情况，刷招"和"无敌招"，这是指一些招式的帧数和伤害值不够平衡，使得一些玩家可以在游戏中使用同一个招式连续攻击对手，达到刷招的效果，这种情况下游戏的平衡性和趣味性都会受到影响。同时，一些招式存在一定的无敌帧，这使得一些玩家可以利用这些无敌帧避开对手的攻击，从而使游戏变得极其被动和乏味。

另外拳皇99引入了支援系统，让玩家可以选择另一个角色作为支援，进行连招或者连击。然而，这个系统并没有被很好地设计和平衡，反而成为了游戏中的短板之一。支援系统的使用方法和效果都比较单一和机械，玩家很难在战斗中运用得自如。同时，支援角色的AI表现也不佳，很容易被敌人轻易击败，使得支援系统几乎没有什么作用。另外，支援系统也给游戏平衡性带来了很大的问题，一些支援角色的技能过于强大，导致玩家可以轻松地通过使用支援角色打败对手，这种情况严重影响了游戏的可玩性和平衡性。拳皇99的支援系统被广泛认为是失败的设计之一。

还有逆天的操作，就是SNK居然在游戏里把草薙京和八神庵被隐藏起来，只有在特定条件下才能使用，草薙京和八神庵也是拳皇系列中的最具代表的角色，他们的出现是推动拳皇系列进一步发展和推广的重要因素，SNK在拳皇99中选择隐藏他们，这是一种商业上的大失误，导致了玩家SNK形象的非常大负面的影响。

当然97的平衡性也很差，但是拳皇97的，除了平衡性差点，游戏的操作、角色设计.系统深度等方面都非常优秀。此外，拳皇97也吸引了大量的游戏玩家和电竞选手，形成了强大的游戏社区和电竞赛事。相比之下，拳皇99在游戏机制、角色设计、剧情设置等方面的问题非常严重，没有一样吸引人的。在游戏的画面和音效也没有得到很大的改进，相对于前作《拳皇98》，画面显得比较粗糙，音效也没有前作那么出色。综合来看，拳皇99在拳皇系列中算得上是一个较为失败的作品。